超声波清洗机清洗物品时，先将要清洗的物品放入清洗篮中，再将清洗篮放入清洗液中。绝对不允许将要清洗的物品直接放入清洗槽中。清洗槽的底部是换能器，超声波清洗机的超声波是由换能器的电源进行的，如果将被清洗的物体直接放入清洗槽中与底部换能器相撞，容易损坏仪器，不能发挥最佳的超声波效果。另外，压在排水孔的侧面也会使热量不散发出去，容易损坏仪器。
注意：超声波清洗机在清洗物品时，篮子的网孔会引起超声波衰减，所以要特别注意，所以最好尽量使用10mm以上的网孔。